Epigenetica Per Principianti e Intermedi (2 Libri in 1). Come l'epigenetica può potenzialmente rivoluzionare la nostra comprensione della struttura e del comportamento della vita biologica sulla Terra
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Epigenetica Per Principianti e Intermedi (2 Libri in 1). Come l'epigenetica può potenzialmente rivoluzionare la nostra comprensione della struttura e del comportamento della vita biologica sulla Terra - Genetica Moderna
Introduzioni
Nel suo senso moderno, l'epigenetica è il termine usato per descrivere l'eredità attraverso meccanismi diversi dalla sequenza del DNA dei geni. Può essere applicata alle caratteristiche passate da una cellula alle sue cellule figlie in una divisione cellulare e alle caratteristiche dell'intero organismo. Questo funziona attraverso tag chimici attaccati ai cromosomi che essenzialmente accendono o spengono i geni.
Gli scienziati che studiano il microscopico verme rotondo Caenorhabditis elegans hanno recentemente scoperto una serie di mutazioni che hanno aumentato la normale vita di 2-3 settimane dei vermi fino al 30%. È stato affascinante, anche perché le scoperte di specie come i vermi tondi ci aiuteranno anche ad apprezzare meccanismi come l'invecchiamento degli esseri umani. Questa non era la fine della storia, però, perché i ricercatori hanno scoperto che la prole dei vermi tondi longevi poteva ancora sopravvivere più a lungo della media, anche se avevano appena ricevuto la forma non modificata dei geni dai loro antenati. All'inizio non sembra avere senso; ovviamente caratteristiche come il colore dei capelli, l'altezza e perfino quanto tempo noi o un piccolo verme possiamo sopravvivere sono sostenuti dall'insieme di geni del DNA che ereditiamo dai nostri antenati. E come superiamo l'enigma su come i vermi hanno acquisito un tratto di lunga vita, senza ereditare il codice del DNA che lo ha innescato inizialmente? La soluzione è l'epigenetica.
Non tutto nel tuo DNA In poche parole, l'epigenetica è uno studio delle caratteristiche o fenotipi
che non comportano cambiamenti nella sequenza del DNA; e i vermi tondi longevi sono solo uno dei tanti esempi. Alcuni, come possiamo vedere qui sotto, includono come le api regine e le operaie del miele possano apparire così diverse pur essendo geneticamente simili, come la malnutrizione nelle società umane possa influenzare il benessere e la sopravvivenza della generazione successiva, perché tutti i gatti tartarugati sono femmine, e come tutti noi cresciamo da una singola cellula (un uovo fecondato) per finire con corpi che comprendono diverse forme di api specializzate.
Un modo di guardare all'epigenetica è questo: mentre la biologia convenzionale spiega come le mutazioni del DNA nei nostri genomi vengono trasferite da una generazione all'altra, l'epigenetica definisce come i genomi vengono trasferiti. Pensate all'epigenetica come ai metadati, alla conoscenza che identifica e organizza i dettagli sottostanti per permettere un confronto del codice. Per esempio, se comprate un lettore MP3, esso conterrà una tonnellata di dettagli, come i file MP3. Pensateli come analoghi ai geni. Ma avrai sicuramente anche delle playlist, o potrai riprodurre canzoni per artista o genere. Questo contenuto, playlist, artista, genere e così via sono metadati. Questo decide quali canzoni vengono eseguite e in quale sequenza, e questo è ciò che l'epigenetica è con la genetica. Si tratta di una serie di meccanismi che hanno lo scopo di accendere o esprimere
i geni, come direbbero i biologi molecolari.
E l'epigenetica riguarda il modo in cui i geni vengono elaborati e utilizzati, piuttosto che la struttura del DNA dei geni stessi, quindi come funziona? Negli ultimi decenni, diversi studiosi hanno fatto ricerche sull'epigenetica ed è effettivamente un campo di intensa intensità scientifica. Ci rendiamo conto che parte del modo in cui l'epigenetica opera è l'applicazione e l'estrazione di minuscoli tag chimici al DNA. Si può pensare a tali etichette come a post-it che mostrano diversi geni con dettagli sul fatto che possano essere accesi o spenti. Inoltre, il marcatore chimico in questione si chiama gruppo metile e viene utilizzato per alterare una delle quattro basi o simboli atomici
, A, C, T e G, che compongono il codice genetico del nostro DNA. La lettera che viene etichettata è la C o citosina, e quando viene modificata o metilata, viene etichettata come 5-metilcitosina. I gruppi metilici sono introdotti nel DNA da enzimi chiamati DNA metiltransferasi (DNMT).
Gli effetti epigenetici possono a volte accadere ai nipoti Più sorprendentemente, alcuni dati sembrano suggerire che i nipoti delle donne che erano incinte durante l'inverno della fame sperimentano alcuni di questi effetti. Questo indica chiaramente un processo epigenetico da quello che abbiamo già menzionato. Inizia il lavoro con le famiglie olandesi Hunger Winter, e una nuova analisi guardando il gene IGF2 ha mostrato tassi più bassi di marcatore metile nel DNA di questo gene in individui soggetti a malnutrizione pre-natale. Mentre IGF2 potrebbe non essere di per sé correlato con un aumentato rischio di cattiva salute in tali persone, dimostra che gli effetti epigenetici (cioè la riduzione della quantità di tag metile su diversi geni) generato prima della nascita può continuare per diversi decenni. Ricerche sul bestiame hanno anche dimostrato che la dieta di una madre può avere un impatto sulla sua prole. Per esempio, nutrire le pecore con una dieta senza i tipi di cibo necessari per produrre gruppi metilici contribuisce a una prole con modelli di metilazione del DNA alterati e con tassi più alti del normale di alcuni problemi di salute.
Epigenetica e imprinting, perché i geni di mamma e papà non sono sempre equivalenti Tutti noi abbiamo 23 coppie di cromosomi nelle nostre cellule. Per ogni coppia, una proviene da una madre e una da un padre. Pertanto, ereditiamo una copia di ogni gene da ogni genitore, e di solito crediamo che il ruolo del gene non dipenda da quale genitore ha avuto origine. Tuttavia, le condizioni sono speciali con i geni imprinted. Per tali geni, solo la copia materna o paterna del gene è coinvolta, mentre l'altra versione rimane in silenzio. Ci sono almeno 80 geni imprinted negli esseri umani e nei topi, molti dei quali sono coinvolti nello sviluppo dell'embrione o della placenta. Come può una copia di un gene essere spenta quando l'altra copia è accesa nella stessa cellula? La soluzione a questo è l'epigenetica. Forse il gene imprinted più studiato è il gene IGF2 (vedi sopra). Una porzione di IGF2 agisce come una svolta. A meno che il DNA non sia metilato, la proteina IGF2 può essere espressa qui. La transizione è metilata solo nella variante di papà del gene, e solo questa variante viene rilasciata, mentre la copia materna è tranquilla. Si ritiene che la transizione sia impostata nei gameti (uova e sperma) in modo tale che, fin dall'inizio, i geni ottenuti da mamma e papà sono marchiati individualmente con tag epigenetici e quindi non sono uguali.
Imprinting e malattie psichiatriche Le sindromi di Angelmann e Prader-Willi sono due malattie neurologiche separate con segni specifici, tutte attribuite alla mancanza di una parte del cromosoma 15. I bambini che ereditano una copia di questo cromosoma anormale sperimentano la sindrome di Angelmann o di Prader-Willi, pur possedendo una copia regolare del cromosoma dall'altro genitore. Ma come può la stessa mutazione (perdita del cromosoma 15) contribuire a due condizioni così separate? La soluzione risiede nella scoperta che questo unico frammento del cromosoma 15 include una varietà di geni che sono impressi in modo tale che né la variante paterna né quella materna di questi geni sono espresse; una delle due sindromi tende a dipendere dal fatto che la delezione avvenga nel cromosoma materno o paterno. Quando un cromosoma carente viene acquisito dallo zio, non c'è un clone funzionante dei geni imprinted che sono spenti sul cromosoma materno 15, con conseguente sindrome di Angelmann e viceversa con la sindrome di Prader-Willi. Questo è molto diverso da altri disordini ereditari, come la fibrosi cistica, dove l'impatto sulla crescita o il benessere è mostrato anche quando un gene difettoso o una mutazione sono trasmessi da entrambi i genitori.
Un po' di biologia a cui nessuno di noi pensa è ciò che rende un bambino un bambino, e una femmina una femmina. Sono i cromosomi X e Y. All'inizio della nostra esistenza, ognuno di noi ha ricevuto un cromosoma X dalla mamma attraverso l'uovo, e mentre le ragazze hanno ricevuto un altro cromosoma X dal papà attraverso lo sperma, i ragazzi hanno ricevuto il cromosoma Y. Il cromosoma Y nelle cellule di un embrione maschile lo spinge a crescere in un bambino, mentre l'embrione femminile cresce in una ragazza con due cromosomi X e nessun cromosoma Y. Ora, potreste scoprire che qui c'è una differenza. Abbiamo anche due degli altri geni, tranne i cromosomi sessuali (X e Y), le ragazze hanno due X, mentre i ragazzi hanno solo una X (e una Y). Mentre il cromosoma Y include pochi geni, principalmente coinvolti nella mascolinità, il cromosoma X contiene una varietà di geni implicati in processi essenziali come la visione dei colori, la coagulazione del sangue e l'attività muscolare. Per massimizzare il dosaggio
dei geni del cromosoma X tra cellule maschili e femminili, un cromosoma X completo viene spento alle cellule femminili. Questo si chiama inattivazione del cromosoma X e si sviluppa molto presto nell'utero. In questa fase, le cellule disattivano spontaneamente il cromosoma X paterno o materno, il che significa che quando nasce una bambina il suo corpo diventa una combinazione o una chimera di cellule in cui il cromosoma X materno o paterno viene disattivato. La ragione per cui ciò avviene include la forma di tag epigenetica di cui abbiamo parlato, quindi si è capito da decenni che le cellule femminili hanno un cromosoma X molto piccolo chiamato corpo di Barr che può essere visto al microscopio, quindi è il cromosoma X inattivo.
Forse la rappresentazione meglio documentata dell'impatto epigenetico transgenerazionale è il gene del topo Aguti. Questo gene regola il colore dei capelli e si accende al momento giusto nelle cellule del follicolo pilifero per creare una striscia gialla nella pelliccia normalmente scura, dando luogo alla cosiddetta pelle agouti. Eppure i topi con una versione specifica del gene Agouti chiamato Avy hanno cappotti tra il giallo e le variazioni standard scure (agouti) dei topi wild-type. I topi gialli sono grassi e soffrono di molti problemi di salute. E il gene Avy tende ad avere un'influenza variabile (infatti Avy sta per Avariable yellow).
Come questo accada ha confuso i genetisti per anni, ma ora possiamo identificarlo come un'influenza epigenetica. La pelliccia gialla emerge perché la variante Avy del gene Agouti ha controlli difettosi ed è sempre accesa. Tuttavia, i tag metilici sono a volte attaccati al codice difettoso di regolazione del DNA, che aiuta a disattivare il gene, con il risultato di una pelliccia agouti screziata o scura nei singoli topi. I cuccioli nati da madri con il gene Avy variano nel colore dal giallo al nero, anche se la proporzione dipende dalla tonalità del pelo della madre; le femmine nere (agouti) hanno maggiori probabilità di produrre cuccioli scuri. Inoltre, si osserva una maggiore proporzione di prole scura se sia la madre che la nonna hanno un colore scuro. Quindi, la colorazione agouti, che è decisa epigeneticamente (dalla quantità di tag metile sul gene Avy), in una certa misura si svolgerà da una generazione all'altra.
Uova e sperma di solito non riportano
gli effetti epigenetici Anche se possiamo trovare casi in cui gli effetti epigenetici apparentemente durano dai genitori alla prole, questo di solito non è il caso e quasi tutti gli interruttori epigenetici o marchi sono resettati nelle cellule germinali (uova e sperma) e nelle primissime fasi dello sviluppo embrionale. In realtà, se questo non fosse il caso, l'incredibile creazione di un uovo fecondato in un organismo completamente sviluppato sarebbe improbabile.
Passare da un uovo fecondato a un individuo completamente sviluppato, è tutto nel (epi) genoma Finora abbiamo identificato alcuni casi fondamentali di controllo epigenetico, ma ora sappiamo che l'epigenetica nel suo ampio significato (come i geni vengono interpretati e utilizzati, piuttosto che la sequenza del DNA dei geni stessi) è fondamentale per come un uovo fecondato darà infine vita all'intero organismo e come le cellule di, diciamo, ' Poco dopo la fecondazione, il feto umano in crescita si forma di una palla cellulare o cellule staminali embrionali. Ognuna di queste cellule ha il potenziale per dare vita a tutti i tipi di cellule del corpo man mano che l'embrione si sviluppa (per esempio, cellule del cervello, della pelle o del sangue). In confronto, 9 mesi più tardi, dopo che un bambino è cresciuto, molte delle cellule che compongono il suo corpo sono dedicate a una particolare forma di cellula con funzioni diverse. Man mano che le cellule si differenziano, la palla di cellule staminali embrionali cresce lentamente in tutte le forme e strutture cellulari del bambino nel tempo. Affinché questo accada, migliaia di geni saranno accesi o spenti al momento giusto e nelle cellule corrette mentre l'embrione si sviluppa. Per esempio, i geni che creano la proteina fibrosa cheratina che dà forza alla nostra pelle sono accesi solo nelle cellule della pelle e non nel cervello e i geni che sono necessari alle cellule del cervello per formare e costruire le loro connessioni nel cervello, ma non nella pelle.
Nel corso della produzione delle cellule, si accendono e si spengono i geni. I tag epigenetici aiutano in questo Un campo di ricerca molto significativo oggi coinvolge il modo in cui avviene l'accensione e lo spegnimento di tutti questi geni, e una parte significativa di questo processo utilizza tag chimici epigenetici, in particolare tag istoni acetilici e metilici. Affinché queste cellule staminali embrionali diano vita ad altri tipi di cellule, le loro funzioni epigenetiche sono (quasi) completamente resettate rispetto alle cellule adulte. Ho messo circa
tra parentesi, perché impariamo dai geni imprinted e dall'eredità epigenetica transgenerazionale, che ci sono casi.
Capitolo uno
Cos'è l'epigenetica
I cambiamenti del DNA che non alterano la sequenza del DNA possono influenzare l'attività del gene. I composti chimici che vengono aggiunti ai singoli geni possono regolare la loro attività; questi cambiamenti sono conosciuti come cambiamenti epigenetici. L'epigenoma consiste in tutte le molecole chimiche che sono state applicate all'intero DNA di una persona (genoma) come un modo per controllare la funzione (espressione) di certi geni in tutto il genoma. I prodotti chimici dell'epigenoma non fanno parte della serie del DNA, ma sono piuttosto sul o collegati al DNA (epi-
significa sopra in greco). I cambiamenti epigenetici rimangono mentre le cellule si dividono e, in alcuni casi, possono essere ereditati attraverso le generazioni. Anche fattori esterni, come la nutrizione e la suscettibilità alle tossine, possono influenzare l'epigenoma.
I cambiamenti epigenetici possono aiutare a determinare se i geni sono accesi o spenti e possono influenzare la produzione di proteine in alcune cellule, assicurando che solo le proteine necessarie siano prodotte. Per esempio, le proteine che supportano la crescita delle ossa non vengono prodotte nelle cellule muscolari. I modelli di cambiamento epigenetico variano tra le persone, tra i vari tessuti all'interno dell'organismo e persino tra cellule separate.
Un tipo comune di modifica epigenetica è la metilazione del DNA. La metilazione del DNA implica l'aggiunta di piccole molecole chiamate gruppi metilici, ciascuna composta da un atomo di carbonio e tre atomi di idrogeno, ai segmenti di DNA. Se i gruppi metilici vengono introdotti in un gene specifico, il gene viene spento o silenziato e nessuna proteina viene generata da quel gene.
Poiché gli errori nel ciclo epigenetico, come la modifica del gene sbagliato o il rifiuto di applicare un composto al cromosoma, possono contribuire all'attività o all'inattività irregolare del cromosoma, possono innescare anomalie genetiche. Condizioni che includono tumori, disordini metabolici e disturbi degenerativi hanno tutti dimostrato di essere legati a errori epigenetici.
I ricercatori iniziano a studiare l'interazione tra il genoma e le sostanze chimiche che modificano il genoma. In particolare, stanno studiando l'effetto dei miglioramenti sul ruolo dei geni, lo sviluppo delle proteine e la sicurezza umana.
L'epigenetica implica semplicemente oltre
o sopra
la genetica. Si riferisce a cambiamenti esterni del DNA che accendono o spengono i geni. Questi cambiamenti non modificano la serie del DNA, ma piuttosto influenzano il modo in cui le cellule leggono
i geni.
Tipi in epigenetica Le variazioni in epigenetica influenzano la forma molecolare nel DNA. Un esempio di alterazione epigenetica è la metilazione del DNA - l'introduzione di un gruppo metile o sigillo chimico
in una porzione della molecola di DNA che impedisce a quei geni di essere espressi.
La forma di questo è l'alterazione degli istoni. Gli istoni sono le molecole attorno alle quali si avvolge il DNA. (Senza istoni, il DNA sarebbe troppo grande per entrare nelle cellule.) Se gli istoni afferrano strettamente il DNA, il DNA non può essere letto
dalla cellula. Le modifiche che rilassano gli istoni possono rendere il DNA accessibile alle proteine che interpretano
i geni.
L'epigenetica spiega se una cellula della pelle è diversa da una cellula nervosa o da una cellula muscolare. Entrambe le tre cellule hanno lo stesso DNA, ma i loro geni sono regolati in modo diverso (accesi o spenti), il che produce diverse forme di cellule.
Come funziona l'epigenetica
Quando non hai lo stesso genitore o un set, c'è una discreta possibilità che la consapevolezza dei tuoi gemelli sia parzialmente focalizzata sulla fantasia. Sono ovunque nei media sub, pulp e mainstream, quindi è difficile biasimare gli artisti per averli tirati in ballo. Soprattutto, per una cultura affascinata dalla memoria, c'è un enigma più esaltante che fissare una copia tangibile di se stessa su un tavolo? Quando hai visto solo poche rappresentazioni fittizie di gemelli, hai sicuramente scoperto che la rappresentazione sembra sbilanciarsi verso un lato o l'altro. O i gemelli sono tristemente uguali (come le bambine in Shining
) o incredibilmente distinti (come i gemelli ginecologi aggressivi e sottomessi in Dead Ringers
). Se due esseri umani sono così simili, gli aspetti che li rendono uguali lasciano perplessi quasi quanto gli elementi che li rendono uguali.
Il DNA gioca una posizione chiave nelle attuali percezioni della personalità, ma come la nostra conoscenza delle prove genetiche aumenta, così sarà la nostra percezione di ciò che ci rende ciò che siamo. Gli esseri umani sono stati a lungo coinvolti in una discussione su design e nurture, una questione con sfumature di destino e libero arbitrio. Sei la persona che sei perché sei nato così, o a causa della società in cui sei stato cresciuto?
Chiaramente, se un gemello identico cresce nei bassifondi del castello mentre l'altro cresce nella casa del re, si trasformerà in individui separati, non importa quanto vicini possano essere i loro cromosomi. Lo studio dell'epigenetica porta ulteriore slancio a questo argomento, gettando luce su come il clima, la dieta e i fattori sociali influenzano il modo in cui i geni vengono trasmessi. Il bambino è stato allevato dalla matrigna violenta nel palazzo? Il gemello ha dovuto affrontare una stanza piena di fumo di tabacco nei bassifondi? Uno mangiava pappa mentre l'altro consumava ricchi dolci? Tali influenze possono indurre modifiche epigenetiche che modificano il modo in cui i geni di ciascun gemello vengono trasmessi. Solo una disparità alimentare può mettere un gemello a rischio di cancro e lasciare l'altro in chiaro.
Avete mai giocato a un videogioco su un simulatore di volo? Il gioco avrebbe potuto fornire varie impostazioni di realismo per incoraggiare i giocatori a selezionare quanto vera
sarà la loro esperienza di gioco. Potrete anche attivare e disattivare i crash a mezz'aria, o determinare se avete finito l'ammoniaca o la benzina. Le impostazioni predefinite possono essere ovunque tra il semplice simulatore e lo sparatutto arcade, ma il gioco ha la capacità di essere più pratico in base a come si attivano le opzioni corrette.¬ Come si è scoperto, i nostri cervelli funzionano in modo molto simile. Se il nostro materiale genetico cumulativo (o genoma) agisce come il nostro sistema, la nostra esperienza di gioco è il nostro fenotipo, le caratteristiche misurabili dell'organismo. Un certo numero di variabili, in effetti, innesca meccanismi epigenetici che accendono e spengono geni specifici.
Gli scienziati hanno inventato per la prima volta la parola epigenetica
(che significa semplicemente sopra il cromosoma
) negli anni '40 come un modo per descrivere gli spostamenti che avvengono tra il cromosoma e il fenotipo. Per cominciare, come fa un solo gemello identico a sviluppare il cancro e non entrambi? Nel tentativo di spiegare cosa stava succedendo, gli scienziati guardarono più da vicino l'interazione tra il DNA e la crescita cellulare.
Il DNA vive all'interno del nucleo di una cellula, una macchina principale al centro di un minuscolo componente che ci rende ciò che siamo. Gli enzimi legano fasci di carbonio e idrogeno (CH3¬) chiamati gruppi metilici al DNA, a volte vicino all'inizio del gene - la stessa posizione dove le proteine si collegano per attivare il gene. Se la proteina non può essere aggiunta a causa del blocco del gruppo metile, il gene viene normalmente lasciato spento. I ricercatori si riferiscono a questo specifico ciclo epigenetico come metilazione. La configurazione di tali pacchetti può alterarsi significativamente nel corso della vita, ma può anche formarsi in modo permanente durante